Element ROSE

Przewidywana struktura drugorzędowa ROSE. Zaznaczono, jak bardzo konserwatywne są poszczególne nukleotydy tej sekwencji. Ramię po prawej nosi nazwę miniROSE, a jego fragment zakończony pętlą – mikroROSE; widoczne jest w nim „wybrzuszone G”
Trójwymiarowa rekonstrukcja motywu mikroROSE na podstawie NMR[1]

ROSE (z ang. repression of heat shock gene expression element) – region cząsteczki mRNA kodującego pewne białka szoku cieplnego, znajdujący się w 5' UTR. ROSE stanowi termometr RNA, który w sposób negatywny reguluje ekspresję genu związanego z szokiem cieplnym. Uważa się, że jego struktura drugorzędowa zmienia się w zależności od temperatury, jak w przypadku innych termometrów RNA. Wytwarza strukturę blokującą dostęp do sekwencji Shine-Dalgarno (miejsca przyłączającego rybosom) w zwykłych temperaturach. Jednakże podczas szoku cieplnego zmiana struktury uwalnia miejsce, do którego przyłącza się rybosom, co umożliwia ekspresję[2][3].

Strukturę ROSE ustalono częściowo za pomocą spektroskopii NMR[1].

ROSE1 i ROSEAT2

Wymienia się 2 przykłady ROSE: ROSE1 i ROSEAT2[4]. ROSE1 występuje w Bradyrhizobium japonicum, podczas gdy ROSEAT2 wykazuje bliskie pokrewieństwo w stosunku do fragmentu RNA z Agrobacterium tumefaciens. Obydwa elementy RNA łączy podobna struktura drugorzędowa, przy czym ROSE1 cechuje się dodatkowym motywem spinki do włosów[4]. Na 3'-końcu znajduje się ramię IV, tzw. miniROSE. Znajduje się w nim charakterystyczne tak zwane bulged G („wybrzuszone G”) naprzeciwko miejsca wiążącego sekwencji Shine-Dalgarno. Bez tego nukleotydu termometr RNA traci swą wrażliwość na zmiany temperatury[1][5].

IpbA

Ekspresja białka szoku cieplnego wśród gatunków bakterii z rodzaju Pseudomonas także podlega kontroli przez termometr RNA typu ROSE, jednak składający się tylko z dwóch motywów spinki do włosów. Hamuje on translację IpbA w niskich temperaturach, a umożliwia ją, gdy temperatura się zwiększy[6].

Zobacz też

Przypisy

  1. ↑ a b c Chowdhury S, Maris C, Allain FH, Narberhaus F. Molecular basis for temperature sensing by an RNA thermometer. „EMBO J”. 25 (11), s. 2487–2497, 2006. DOI: 10.1038/sj.emboj.7601128. PMID: 16710302. PMCID: PMC1478195. 
  2. ↑ A Nocker, Hausherr T, Balsiger S, Krstulovic NP, Hennecke H, Narberhaus F. A mRNA-based thermosensor controls expression of rhizobial heat shock genes. „Nucleic Acids Res”. 29 (23), s. 4800–4807, 2001. DOI: 10.1093/nar/29.23.4800. PMID: 11726689 (ang.). 
  3. ↑ S Balsiger, Ragaz C, Baron C, Narberhaus F. Replicon-Specific Regulation of Small Heat Shock Genes in Agrobacterium tumefaciens. „J Bacteriol”. 186 (20), s. 6824–6829, 2004. DOI: 10.1128/JB.186.20.6824-6829.2004. PMID: 15466035 (ang.). 
  4. ↑ a b Narberhaus F, Waldminghaus T, Chowdhury S. RNA thermometers. „FEMS Microbiol. Rev.”. 30 (1), s. 3–16, 2006. DOI: 10.1111/j.1574-6976.2005.004.x. PMID: 16438677. 
  5. ↑ Nocker A, Hausherr T, Balsiger S, Krstulovic NP, Hennecke H, Narberhaus F. A mRNA-based thermosensor controls expression of rhizobial heat shock genes. „Nucleic Acids Res.”. 29 (23), s. 4800–4807, 2001. DOI: 10.1093/nar/29.23.4800. PMID: 11726689. 
  6. ↑ SS Krajewski, Nagel, M; Narberhaus, F. Short ROSE-Like RNA Thermometers Control IbpA Synthesis in Pseudomonas Species.. „PloS one”. 8 (5), s. e65168, 2013. DOI: 10.1371/journal.pone.0065168. PMID: 23741480. 

Media użyte na tej stronie

PDB 2gio EBI.png
Cartoon representation of the molecular structure of protein registered with 2gio code.
RF00435.jpg
Image has been uploaded to the Commons as part of the Molecular and Cellular Biology WikiProject in collaboration with the public-domain database Rfam. Here is the link to the discussion.